El proyecto Guneka consiste en implantar un nuevo modelo de organización basado en la colaboración, en la confianza en las personas y en la autonomía y capacidad de gestión de los equipos. Los departamentos se gestionan como miniescuelas, dotándoles de autonomía suficiente para que, cumpliendo sus objetivos, contribuyan de forma más efectiva al logro de los objetivos del Centro.
El proyecto tiene como punto de referencia el modelo Guneka, cuyo objetivo principal es potenciar la gestión por miniescuelas en los centros de formación profesional.
Se pretende profundizar en el desarrollo del departamento tradicional, el Alorgune, constituido propiamente como una miniescuela dentro de la escuela.
En el modelo Guneka la referencia del Alorgune es la gestión del conocimiento, la tecnología y la innovación; en este sentido se trabajará para dotar al Jefe de Departamento de formación y herramientas que le ayuden a gestionar los planes de su departamento, concretamente dos aspectos claves: el conocimiento del departamento, a través de la Intranet, Saregune, y las competencias del profesorado a través de la aplicación informática Ardatz.
Otra de las áreas importantes de este proyecto es el Ikasgune, que se dedica a diseñar, organizar y coordinar todos los aspectos educativos de un ciclo formativo.